除了海防薄弱，台湾守军的素质和训练也较为低
。用刘铭传的话说，即兵
将贪，营务废弛；装备落后，武
杂
；训练形同虚设，“虚名空额”，随
可见。更为严重的是，台湾烟瘴之地，染烟勇丁几达半数以上，致使战斗力明显降。
面对如此险境，刘铭传因地制宜，一边整军备战，修筑炮台、工事，一边激励民众，凝聚人心，动员各方力量。他呼吁全岛各界，有钱的
钱，有力的力。考虑到台湾兵力不足，他还发动民众，在全岛组织乡勇团练，以
合守军作战。为了凝聚人心，提
战斗力，他还设法消弭湘军、淮军之间的矛盾，调动一切积极
，打退了法军多次
攻。尤其沪尾大捷，清军奏凯歌，大获全胜。时人有诗赞曰：“黑海涛雄一剑寒，北风
断鼓帆
”；“一战功成收沪尾，三军血涌饮楼兰。”就连在场观战的英、
驻淡
领事也给予度评价，认为“只有在台湾的
国军队才能够一比一地
持与法国人
战，这大
分应归功于刘铭传
明的准备和几位淮军军官的指挥才”。
沪尾之战的胜利，对刘铭传来说意义重大。此战不仅粉碎了法军的攻，而且迫使法军彻底打消了犯沪尾的图谋。更为重要的是，此战过后，法军的攻势被遏制，法军队开始
了一
期的相持和拉锯状态。这消耗战对于法军来说，显然不利。因此，有人评价沪尾大捷是
有转折的决定一战，它彻底扭转了台湾的战局。
10月28日，即沪尾大捷之后二十天，朝廷达谕旨，正式任命刘铭传为福建巡抚。消息传后，《申报》立即发表评论表示祝贺，认为这是“国家之福，天苍生之福”；甚至认为朝廷如能早一
发任命，
尾惨剧亦可避免，“则闽江军备不至糜烂，而今日全台即可通他省之接济，而不绝本省之救援矣”。评价之、期许之厚都达到了空前度。
法战争结束后，台湾的重要日益凸显。战后，朝大员一致认为台湾建省，势在必行。公元1885年10月12日，醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆郡王奕劻和北洋大臣李鸿章等十六人联名上奏，提以福建巡抚改为台湾巡抚，“以责专成，似属相宜”。这一奏请当天便得到批准。
太后懿旨云：“台湾为南洋门
，关系
要，自应因时变通，以资控制。着将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎。福建巡抚事，即着闽浙总督兼
。所有一切改设事宜，该督抚详细筹议，奏明办理。”
这是一个历史的决定。对台湾来说，意义重大。但是，刘铭传一开始对这一决定并不赞成。他认为，台湾建省的条件并不成熟，困难太多。首先，台湾一旦建省，将失去福建接济，于台湾发展不利。其次，台湾“番民”尚未归化，开发程度较低，这也是建省的一大难题。因此，接到建省谕旨后，他便上了一
《台湾暂难改省折》，建议台湾暂缓改省，“从容筹办”。尽刘铭传的建议符合实际，有一定的合理成分，然而，清廷并未采纳他的主张。光绪十一年（1885年）十二月十二日，朝廷驳回刘铭传的上疏。谕云：“刘铭传所请从缓改设巡抚，著毋庸议。”于是，台湾正式从福建划，成为国的第二十个行省，而刘铭传也成了台湾首任巡抚。
虽然刘铭传暂缓建省的主张并未得到批准，但台湾一旦建省之后，作为一省巡抚，他便全
心地投。与此同时，台湾建省之初，清廷度重视，表示全力支持，这也给了刘铭传很大的信心。早在1884年6月，刘铭传奉诏山，京觐见太后时，就上过一奏折，提海防十条，
容包括办防、募勇、练兵、改革、培养人才等容。他当时就对台湾的建设有一个清晰的设想。建省之后，他在这十条的基础上拿一个十六条建省方案。这一方案十分全面，包括军事、社会、经济、通和教育等各个方面。这是一个庞大的计划。刘铭传雄心
，计划用十年时间大一场，彻底改变台湾的面貌。
台湾的军事落后，刘铭传有切肤之痛。早在刚到台湾不久，他便着手大力整顿军务。法战争结束后，更是腾手来，对队行全面改造。他接了全驻台队，包括刘璈的湘军，对不合格的官兵行减、淘汰。在此基础上，编练兵三十五营，练军三营。全改换新式洋枪，聘请外国教官行训练。为了补充兵员，他还不断从家乡合
招募兵勇，加上他原先带来台湾的淮勇，淮军人数一度增至十几营。在他的编练之，三年后全台总兵力达到四十三营，两万两千人。
在军事布防上，刘铭传一直认为日本是我国最大的威胁。因此，他将台湾的防务重放在台北一带，署了全台近半数以上兵力。他还在重要海
，如基隆、沪尾、澎湖、安平、旗后修筑十座炮台，购置西式的钢炮三十一门，并备沉雷、碰雷等，与炮台相互呼应。他还设立机局、军械所、火药局、雷局，以及机厂、汽炉房、打铁房等，自制枪支弹药。
在治理军务的同时，刘铭传还大力整顿吏治，打击贪官污吏和豪
劣绅。第一个被他拉的就是台湾兵备刘璈。
台湾军政官员主要来自地，多于湘系和淮系。文官知县以上，非湘即淮。刘铭传主台前，台湾是刘璈一统天；刘铭传上任后，淮系后来居上。从势力范围看，淮系控制着台北、台一带，而台南则为湘系所把持。刘璈是湘系在台湾的
面人
，此人为官二十余载，其势力盘
错节，布满要津。应该说，刘璈主台多年，对台湾的防卫和建设亦有功劳。据《台湾通史》记，光绪十一年(1885年)
二月，孤
攻台南，托英国领事约刘璈来船上谈判，左右都劝说不能去，但刘璈答曰：不去以为我怕他，咄，我岂是畏死之人？临行前，他指示炮台，如遇警即开炮，不要考虑我在敌船上边。孤置酒相迎，言谈威胁说，台南城池小，兵力弱，将以何战？刘璈回答说：“然城，土也，兵，纸也，而民心，铁也。”孤默然，法舰亦去。
刘铭传抚台后，二刘一直不和。刘璈依仗左宗棠等湘系大员的支持，多次纠弹刘铭传和淮系官吏，刘铭传对此痛恨不已。法战事一结束，他便腾手来拿刘璈开刀了，先后查他的问题共十八条。如，利用手的职权常年吃空饷；虚支
款、扣存冒银、任意冒销，可谓“贪污狡诈，劣迹多端”等等，奏请朝廷将其革职。不久，朝廷派员
查，基本属实。光绪十一年（1885年）十月间，清廷连续旨，认定“该革(刘璈)以监司大员总理营务，辄敢虚支款，任意冒销。律以监守自盗，罪无可辞”，决定以斩监候(即死缓)，后改为
放黑龙江，并对其所有家产(包括任所、原籍) 一并查抄。
在办理此案，对于刘璈的同伙和党羽，刘铭传也一并行了清除。原提督登玉被从重“发往军台效力赎罪”；原同知胡培滋被革职，驱除回籍，“永不叙用”；原副将张福胜、原知府刘济南等也“一并革职”。
在吏治整顿，对于那些为非作歹，拒不听命的官员，刘铭传也该革的革，该杀的杀，该撤的撤，该办的办。宜兰县令王家驹公然勒索富绅周家芳，为
周家就范，还把周家芳的兄弟抓了起来。周家向刘铭传告状，刘
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