远古的大地之母 - 来自远古的讯息(The lost manuscripts)

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    冬日的穿过研究室的窗照到玛修背上,无视室外零十二度低温的事实蒸着微微意。玛修左手指轻敲上午刚刚送来的碟外包装,右手指蜷曲着用第二节指节撑着颧骨末端,右手拇指则勾住他外扩的頷。他盯着前的双萤幕,因为一再现的一组数字微微皱起眉

    碟里的资料是他先前委託外包厂商,行斑鱼基因定序的成果。因为基因样本量很少,厂商会先将原本的dna样本用酶切断、行聚合酶链式反应(pcr)后才定序列。因此玛修收到的资料是数万,甚至数百万串不等、由代表不同硷基对的字母排列而成的字串。他必须将这些零碎的字串比对拼贴,最后现序列原本的样貌。

    不过这并不是让他皱眉的原因。定序的技术和重组字串的方法已经非常成熟了。像斑鱼这被研究透彻的模式动,要大紕漏并不容易。

    让他到担忧的事是斑鱼粒线(mitochondrion)的基因序列度和线虫的一模一样。

    当然不是指原始序列本度一模一样。相较于细胞的基因序列,粒线的基因序列突变得更快,而且突变速率稳定,时常被用来评估生的演化程以及间的亲缘关係。线虫和斑鱼两天差地远,牠们粒线的基因序列自然不同。

    问题在玛修手边的理论。他正在研究粒线基因序列的突变与演化。如果粒线共生假说──我们的真祖先在二十亿年前收服了一当「小弟」──是正确的,那么现在所有生的粒线硷基排列应该都源自同一条序列。由此,玛修和他的导师正着手建构一演算法,希望能直接从生当前的粒线基因序列推算始祖序列的型态,并依照两者之间的差异将各个生安在演化树上的相对位置──实现生演化树的大一统。

    可是当玛修完成第一版演算法,并且尝试代资料库的已有的粒线基因序列资料,他发现每最后给的始祖序列度都一样──12,317±1对硷基。

    不只线虫和斑鱼,果蝇、文昌鱼和小鼠都一样。现在就连使用他们实验室自己培育的斑鱼的基因序列行分析,结果也还是完的12,317对硷基。

    完的结果难不完吗?

    当然不!玛修用的方法看来复杂华丽,可是脱不成山的假设和它外的本质。不同的应该要得大致相同但细节迥异的结果。不停现同一组数字,在同儕审查只会被视为程式码错的徵兆。

    不过他已经了三个月,一行一行、一字一字检查他的程式码不数遍。他甚至邀请了国外另一间大学的研究团队依据他的理论行独立研究,由文化背景迥异的研究员从实现一次演算法,得的结果还是一模一样。

    那天晚上他又到了校园附近的酒吧买醉,不过旁喧闹着的、无忧无虑的大学学生让他愁上加愁。他趁着醉意打电话给前女友诉苦。前女友没有接,他就一直打、一直打……

    「都到这样,你把文章送去就是了。」

    玛修想和前女友復合的奋斗故事说到一半被无打断。他沉浸在回忆里,愣了一会儿才发现丽正在等待他的回应。

    「什么?」

    「我说,你都到这样了,」丽把叉尖端嘴里,用尖品嚐沙拉酱的酸甜味,「不是应该先把文章送去,看看期刊的审查委员有什么意见再说吗?说不定他们本不在意这小事。」

    玛修有尷尬,他搔着后脑,说:「啊,现在想起来是这样没错。不过那时候总想着要把研究得完。毕竟那篇文章送去,大概整个生资讯学都会被翻过来吧?」

    玛修用轻松的语调讲着一般研究人员一辈都不敢奢望的经歷。不过卡琳对于玛修的藉并不买单,她靠到边悄声说:「他只是想打给他前女友。」

    「所以呢?」丽完全不遮掩,单刀直地问玛修:「你前女友有接电话吗?」

    「不要前女友、前女友地叫,好像我们一直分分合合纠缠不清一样。」坐在玛修旁的量电脑工程师话:「我们就是单纯朋友。只是大一的时候往过一个月而已。而且这本不是重好吗?」

    丽耸耸肩改,看着工程师说:「那玛修在大一的时候往过一个月的前女友有接电话吗?」

    工程师瞪着丽不回答。丽再次改:「玛修大一的时候往过一个月,但声称两人只是普通朋友的前女友有接电话吗?」

    工程师翻了一个几乎到后脑勺的白,最后才承认:「有。」

    「他说什么?」

    「他那时候完全喝醉了,背景又吵得什么都听不清楚。我只能听见他在电话里嚷嚷:『为什么是12,317?』、『12,317到底是什么?』那时候我每天都在确认大数因式分解的量演算法,已经被两个质数相乘得很烦了。我跟他说12,317就是109乘113,什么意义都没有,就把电话掛断了。」

    吃了前菜,还喝了几汤,丽不再因为肚饿而脾气暴躁,她觉事有趣起来。,说:「109乘113,然后呢?」

    「然后他就一天寄三封电邮件想要找我讨论他那『孤僻』的粒线研究。」工程师借用了卡琳的词汇,她说:「我那时候真的很后悔为什么要一时心接他电话。」

    玛修尷尬地笑两声:「贝琪别说啦,现在看来那也蛮有影响力的不是吗?」

    「影响力大不大我不知,孤僻倒是真的,你看到现在还是只有我们几个在。」工程师贝琪不耐烦的用着桌面。这时候罗宋汤和麵包送上来了。服务生离开之后,贝琪促玛修:「你到底要不要继续?还是之后的事我来讲?」

    「没关係慢慢来,我们还有整个晚上不是吗。」丽被两人之间分分合合、纠缠不清的动态关係勾起兴趣。不过上意识到这些日理万机的大人不一定和她有一样的想法。她咬着汤匙小声地补充:「至少我不急啦。」

    「算了,我来吧。」贝琪叹一气,她用大拇指,她说:「那个週末我们在玛修的办公室把所有序列都列来,用各方式比对这些序列,不过从除了功能区之外,这些序列组合没有呈现特定的模式。」

    「事实上,因为突变是随机发生的,我的方法只能估计始祖序列的度,不能还原原本的序列。」

    玛修补充。贝琪则摆手让玛修停止炫耀他的演算法。

    「这些都不是重。重是我们了很多时间在无用功。丽,我问你一个问题,你是天文学家,如果你们的天线收到了一串信号,信号以两个质数相乘的度为单位重复,你一个反应是什么?」

    「那是一张二维图像。」

    丽答案脱,引发一阵动。所有人面面相覷,表惊讶还掺着欣喜。

    「怎样?」

    「我们当时了两个月才想到这个可能。不过当我们用不同的顏表示



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