冬日的穿过研究室的窗
照到玛修背上,无视室外零
十二度低温的事实蒸着微微
意。玛修左手
指轻敲上午刚刚送来的
碟外包装,右手
指蜷曲着用第二节指节撑着颧骨末端,右手拇指则勾住他外扩的
頷。他盯着
前的双萤幕,因为一再
现的一组数字微微皱起眉
。
碟里的资料是他先前委託外包厂商,
行斑
鱼基因定序的成果。因为基因样本量很少,厂商会先将原本的dna样本用酶切断、
行聚合酶链式反应(pcr)后才定
序列。因此玛修收到的资料是数万,甚至数百万串不等
、由代表不同硷基对的字母排列而成的字串。他必须将这些零碎的字串比对拼贴,最后现
序列原本的样貌。
不过这并不是让他皱眉的原因。定序的技术和重组字串的方法已经非常成熟了。像斑鱼这
被研究透彻的模式动
,要
大紕漏并不容易。
让他到担忧的事
是斑
鱼粒线
(mitochondrion)的基因序列
度和线虫的一模一样。
当然不是指原始序列本的
度一模一样。相较于细胞
的基因序列,粒线
的基因序列突变得更快,而且突变速率稳定,时常被用来评估生
的演化
程以及
间的亲缘关係。线虫和斑
鱼两
生
天差地远,牠们粒线
的基因序列自然不同。
问题在玛修手边的理论。他正在研究粒线
基因序列的突变与演化。如果粒线
的
共生假说──我们的真
生
祖先在二十亿年前收服了一
原
生
当「小弟」──是正确的,那么现在所有生
的粒线
硷基排列应该都源自同一条序列。由此,玛修和他的导师正着手建构一
演算法,希望能直接从生
当前的粒线
基因序列推算始祖序列的型态,并依照两者之间的差异将各个生
安在演化树上的相对位置──实现生
演化树的大一统。
可是当玛修完成第一版演算法,并且尝试代资料库
的已有的粒线
基因序列资料,他发现每
生
最后给
的始祖序列
度都一样──12,317±1对硷基。
不只线虫和斑鱼,果蝇、文昌鱼和小鼠都一样。现在就连使用他们实验室自己培育的斑
鱼的基因序列
行分析,结果也还是完
的12,317对硷基。
完的结果难
不完
吗?
当然不!玛修用的方法看来复杂华丽,可是脱不成山的假设和它外
的本质。不同的
应该要得
大致相同但细节迥异的结果。不停
现同一组数字,在同儕审查
只会被视为程式码
错的徵兆。
不过他已经了三个月,一行一行、一字一字检查他的程式码不
数遍。他甚至邀请了国外另一间大学的研究团队依据他的理论
行独立研究,由文化背景迥异的研究员从
实现一次演算法,得
的结果还是一模一样。
那天晚上他又到了校园附近的酒吧买醉,不过旁喧闹着的、无忧无虑的大学
学生让他愁上加愁。他趁着醉意打电话给前女友诉苦。前女友没有接,他就一直打、一直打……
「都到这样,你把文章送
去就是了。」
玛修想和前女友復合的奋斗故事说到一半被无打断。他沉浸在回忆里,愣了一会儿才发现
丽正在等待他的回应。
「什么?」
「我说,你都到这样了,」
丽把叉
尖端
嘴里,用
尖品嚐沙拉酱
的酸甜味
,「不是应该先把文章送
去,看看期刊的审查委员有什么意见再说吗?说不定他们
本不在意这
小事。」
玛修有尷尬,他搔着后脑,说:「啊,现在想起来是这样没错。不过那时候总想着要把研究
得完
。毕竟那篇文章送
去,大概整个生
资讯学都会被翻过来吧?」
玛修用轻松的语调讲着一般研究人员一辈都不敢奢望的经歷。不过卡琳对于玛修的藉
并不买单,她靠到
丽
边悄声说
:「他只是想打给他前女友。」
「所以呢?」丽完全不遮掩,单刀直
地问玛修:「你前女友有接电话吗?」
「不要前女友、前女友地叫,好像我们一直分分合合纠缠不清一样。」坐在玛修旁的量
电脑工程师
话:「我们就是单纯朋友。只是大一的时候
往过一个月而已。而且这
本不是重
好吗?」
丽耸耸肩改
,看着工程师说:「那玛修在大一的时候
往过一个月的前女友有接电话吗?」
工程师瞪着丽不回答。
丽再次改
:「玛修大一的时候
往过一个月,但声称两人只是普通朋友的前女友有接电话吗?」
工程师翻了一个几乎到后脑勺的白,最后才承认:「有。」
「他说什么?」
「他那时候完全喝醉了,背景又吵得什么都听不清楚。我只能听见他在电话里嚷嚷:『为什么是12,317?』、『12,317到底是什么?』那时候我每天都在确认大数因式分解的量演算法,已经被两个质数相乘
得很烦了。我跟他说12,317就是109乘113,什么意义都没有,就把电话掛断了。」
吃了前菜,还喝了几汤,
丽不再因为肚
饿而脾气暴躁,她
觉事
有趣起来。
丽
,说:「109乘113,然后呢?」
「然后他就一天寄三封电邮件想要找我讨论他那『孤僻』的粒线
研究。」工程师借用了卡琳的词汇,她说:「我那时候真的很后悔为什么要一时心
接他电话。」
玛修尷尬地笑两声:「贝琪别说啦,现在看来那也蛮有影响力的不是吗?」
「影响力大不大我不知,孤僻倒是真的,你看到现在还是只有我们几个在
。」工程师贝琪不耐烦的用
指
着桌面。这时候罗宋汤和麵包送上来了。服务生离开之后,贝琪
促玛修:「你到底要不要继续?还是之后的事我来讲?」
「没关係慢慢来,我们还有整个晚上不是吗。」丽被两人之间分分合合、纠缠不清的动态关係勾起兴趣。不过
丽
上意识到这些日理万机的大人
不一定和她有一样的想法。她咬着汤匙小声地补充:「至少我不急啦。」
「算了,我来吧。」贝琪叹一气,她用大拇指
了
太
,她说:「那个週末我们在玛修的办公室把所有序列都列
来,用各
方式比对这些序列,不过从除了功能区之外,这些序列组合没有呈现
特定的模式。」
「事实上,因为突变是随机发生的,我的方法只能估计始祖序列的度,不能还原原本的序列。」
玛修补充。贝琪则摆手让玛修停止炫耀他的演算法。
「这些都不是重。重
是我们
了很多时间在
无用功。
丽,我问你一个问题,你是天文学家,如果你们的天线收到了一串信号,信号以两个质数相乘的
度为单位重复,你一个反应是什么?」
「那是一张二维图像。」
丽答案脱
而
,引发一阵
动。所有人面面相覷,表
惊讶
还掺着
欣喜。
「怎样?」
「我们当时了两个月才想到这个可能
。不过当我们用不同的顏
表示
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