这样的审判对于传教士们简直就是一
折磨。作为首犯的汤若望，此时已是七十三岁
龄，加之不久前
患重病，“他的肢
麻痹
痪，甚至
结
，而右手不能运用”，完全成了一个半残废之人。在审判
，他只能依靠他的学生南怀仁为他抗辩。南怀仁
生于比利时贝当城，十八岁时受洗加
天主教，
通天文、数学。三十四岁来到国，先是在西安传教，后被汤若望召至北京，供职于钦天监。他是汤若望之后最著名的传教士和天算学家。康熙二十一年（1682年），他受到朝廷重用，官至钦天监监正，累加工
侍郎，是传教士任职最的官员。不过，当时他只是一名普通的传教士。由于他并非朝廷命官，因此在审判，他与利类思、安文思和许保禄被系上九条锁链。这九条锁链三条系颈项，三条系臂腕，三条系
足。这是重犯才上的刑
。由于南怀仁是四人最年轻的，因此系他的锁链也最重。汤若望与李祖白等人，由于是朝廷命官，开始还受到优待，未上刑，可等到案
转至刑时，这优待也取消了，就连重病在、行动不便的汤若望也被毫不留
地系上九条锁链。
旷日持久的审判使病不断加重的汤若望苦不堪言，但他
持不认罪，不断为自己申辩，但他的抗辩毫无作用。因为审判过程只是一个形式，而结果早在审判开始前便已预设。据《汤若望传》说，为了赢得这场审判，杨光先和他的党羽们大肆贿赂，整个官司
费白银四十万两，而回教徒贡献的宝珠就有十八颗之多。这说法究竟有多少
据，不得而知。但最后的结果却是他们希望看到的。
康熙四年（1665年）三月，先后有二百余人参加的御前会议
了最后的判决。对于历法之争，判词完全一边倒地站在了杨光先一边。最可笑的是判词有“所摘十谬，杨光先、汤若望各言己是，历法
微，难以分别”之语，既然是“难以分别”，又如何判决？其实，这也不难，只要在判词采信杨光先的一面之词，而对汤若望一方的辩解只字不提，便可达到目的。因为对于那些复杂艰的历法术语，也没有多少人能
明白，包括那些审判官在
。真正让人明白的罪状只有两条：一是汤若望
二百年历，“俱大不合”。因为天佑皇上历祚无疆，难
我们皇帝的江山只有二百年吗？显然这是用心不良。二是，汤若望选择荣亲王葬期，“不用正五行，反用《洪范》五行，山向年月，俱犯忌杀，事犯重大”，而且后果极为严重，导致皇贵妃和皇上先后薨逝，这是存心要毁我大清，实属大逆不。
杨光先等人的策略收到了效果。其实，前一条罪状完全是
加之罪，何患无辞，而葬期一案早在顺治朝就有定论。可在恩格德的运作
，如今完全翻了过来，不再是礼误用时辰，而是钦天监“不用正五行，反用《洪范》五行”导致的恶果。这样一来，责任便完全落到钦天监的
上。在审判，南怀仁极力为汤若望辩护，他说即便这个错误是钦天监造成的，也不能归咎于汤若望和其他受审的官员，因为在监局他们只负责天算分的工作，从不过问吉日的选择。然而，这样的辩解本无人愿意去听。
康熙四年（1665年）三月，最终的判决达了：汤若望和钦天监七人凌迟，五人斩首；在京传教士充军，各省传教士押送广州，驱逐境。现在，只待最后一手续，即呈奏皇帝批准便可执行了。传教士们的命运似乎已经注定，所有人都认为在劫难逃。他们在狱互相鼓励，抱着为信仰而死的信念，并视殉教为一无上的光荣。然而，就在这时，意外的事发生了——北京城和京师附近连续发生了天象异变。
据《清史稿灾异志》记载：“三月初二日，京师地震”；“初四日，锦州地震”；“四月十五日，滦州、东安、昌平、顺义，地震两次，房垣皆倾。”地震带来了极大的恐慌。另据《汤若望传》描述：就在判
汤若望死刑的文件呈送皇上与太皇太后时，是日11时，“北京便起了一阵地动，摇撼全城之建筑。由地隆隆发雷鸣之声。城房屋之倒塌者不计其数，甚至城墙亦有百之塌陷。连汤若望牢狱之墙
，亦皆倒塌。城多地面裂成隙，东堂房
之十字，亦被震落于地。同时陡起劲风一阵，
扫城市。地上起之灰尘，遮天蔽日，使北京顿成黑暗世界。人们俱由屋窜至街上，看守传教士们之狱卒，亦皆惊窜逃亡。而
殿之纷
则为最烈，皇上及太皇太后，所有之妇女，宦竖太监，以及其他之大人
，俱皆逃至屋外，
宿于帐篷之。这一次地动之后，同日还又继续发生三次，在以三日，每日皆发生一次”。
除此之外，早在康熙三年（1664年）冬，正当礼和吏会审汤案时，彗星便开始现，而且持续两个多月才熄灭。利类思在《不得已辩》有“星变者再，地震者五”之语，可见那段时间星变和地震之频繁。面对天象示警，朝廷宣布大赦天，但汤若望等传教士并不在赦免之列。太皇太后这时发话了，认为对汤若望等人分过重，并说先帝在时对汤若望恩
有加，你们难非要置他于死地吗？这位太皇太后就是一直把汤若望视为义父的孝庄皇太后，她是顺治的母亲，康熙的祖母。后的
预使辅政大臣们不得不对此案行改判。
第一批获得赦免的有利类思、安文思、南怀仁和许保禄，他们被释放狱；汤若望从轻置，由凌迟改为斩首。看来，辅政大臣们仍然不想放过汤若望。可是，四天后，在太皇太后的预，此案再次改判，刑宣布汤若望对荣亲王葬期并不知晓，有可原，死罪可免，决定取消死刑，释放狱。至此，西方传教士全得到了赦免，但是，钦天监的汉人官员就没那么幸运了。李祖白等五名汉人官员仍被斩首。不过，许青屿（那个为《天学传概》作序的）由于不是教民，仅作削籍置。据陈占山《杨光先评传》说，审判结束后，政府对传教士如置：仍准汤若望等四位原来在京的传教士留居北京（原判为充军），但禁止传教；其他由全国各地押解至京受审的二十多位耶稣会士、多明我会士和方济各会士等，均押赴澳门。“以杨光先为代表的国落后保守势力的排教活动，至此基本上达到了预期的目的”。
康熙历案后，西方传教士从钦天监被尽数清除，朝廷任命杨光先
理钦天监，先是任他为右监副，杨光先一再推辞，五次叩阍辞疏。朝廷皆不准。在辞疏，杨光先提理由，所谓“六不敢受职之畏”“二不敢受职之羞”，概而言之，即自己学识不够，难以胜任。他在奏疏说，官以“钦天”名，必于历数历理者，而他是“止知历理，不知历数”，“但知推步之理，不知推步之法”。这一
，他倒是有自知之明。的确，仅凭他对历法的那
知识，捣尚可，办正事万万不能。因此，接到任命，他吓得“汗
浃背”，无论如何不敢接受。但是，朝廷以为他是谦辞，五次驳回他的奏疏，不仅如此，还把授予他的监副改授为监正。
这一来，杨光先骑虎难了，只能走
上任。上任之初，他罢西洋新法，试图恢复大统历，由于得不到相关人员的支持，加上大统历本错误百，此举困难重重。此后，他不得不寄希望于回回历，奏请吴明炫（此时已改名
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